Sau cái chết của Henry I vào năm 1135, Stephen vội vã đến Anh, lợi dụng quyền kiểm soát các cảng biển gần nhất xứ Boulogne và lên ngôi vua, đánh bại đối thủ của mình là Hoàng hậu Matilda. Mathilde xứ Boulogne vào thời điểm đó đang mang thai rất nặng và vượt qua eo biển Manche sau khi sinh một cậu con trai, Guillaume, người một ngày nào đó sẽ kế vị làm bá tước xứ Boulogne. Mathilde lên ngôi hoàng hậu vào lễ Phục sinh ngày 22 tháng 3 năm 1136.[1]

Mathilde là người ủng hộ Hiệp sĩ Đền Thánh. Bà thành lập Đền Cressing ở Essex vào năm 1137 và Đền Cowley ở Oxford vào năm 1139. Giống như người tiền nhiệm của mình là Matilda của Scotland, bà có mối quan hệ chặt chẽ với Tu viện Ba Ngôi tại Aldgate. Bà đã chọn tu viện trưởng làm cha giải tội của mình và hai đứa con của bà cũng đã được chôn cất ở đó[2]

Trong cuộc nội chiến diễn ra sau đó, được gọi là Thời kỳ nội loạn, Mathilde tỏ ra là người ủng hộ mạnh mẽ nhất cho chồng mình. Khi nước Anh bị xâm lược vào năm 1138, bà đã triệu tập quân đội từ Boulogne và đồng minh là Vlaanderen, đồng thời bao vây thành công Lâu đài Dover rồi tiến về phía bắc tới Durham, nơi bà lập một hiệp ước với David I của Scotland vào năm 1139.[3]

Sau khi Stephen bị bắt trong Trận Lincoln năm 1141, bà đã tập hợp những người theo đảng phái của nhà vua và gây dựng một đội quân với sự giúp đỡ của Willem xứ Yper. Trong khi Hoàng hậu Matilda đợi ở Luân Đôn để chuẩn bị đăng quang, Mathilde và anh trai của Stephen là Henry xứ Blois đã đuổi bà ra khỏi thành phố. Hoàng hậu Matilda tiếp tục bao vây Henry xứ Blois tại Winchester. Mathilde xứ Boulogne sau đó chỉ huy quân đội của mình tấn công những kẻ bao vây. Một cuộc hành quân nổ ra mà trong đó người anh cùng cha khác mẹ của Hoàng hậu là Robert xứ Gloucester bị bắt. Matilda và Mathilde sau đó đồng ý trao đổi tù nhân và Stephen lại lên ngôi vua.[4]

Năm 1147, bà thành lập Quỹ Vương thất Thánh Katharine, tổ chức này vẫn tồn tại cho đến ngày nay.[5]

Mathilde qua đời vì một cơn sốt vào tháng 5 năm 1152 tại Lâu đài Hedingham, Essex, Anh và cả bà và chồng được chôn cất tại Tu viện Faversham.[1]